利用微生物新陈代谢功能，使污水中呈溶解和胶体状态的有机污染物被降解并转化为无害的物质，使污水得以净化。在城镇污水二级处理工艺中，一般以活性污泥法为主，尤其是日处理能力在20万m³以上的情况下。

生物法处理污水则花费低，耗能低，同时处理效率高，出水质好，管理简单，不会对环境产生二次污染。生物法通常利用各种微生物的新陈代谢及种群间的相互作用而使污水得到净化的过程。农村生活污水富含有机物，化学污染物相对较低，特别适合于微生物的生长和作用。